Az 1950-es években már felvetődött egy Balaton déli partján létesítendő kórház gondolata.  A választás Siófokra esett, mert a térség gazdasági, kereskedelmi és idegenforgalmi szempontból dinamikusan fejlődő központjának tartották.

A Pécsi Tervező Vállalat 1956-ban rajzasztalra tette a kórház tervét, de az építkezés csak 1961-ben kezdődhetett meg. Közel nyolc évbe telt, míg 1968. június 1-én először a Rendelőintézet épületét, 1968. december 29-én pedig a kórházépületet  avathatták. Ezen a napon kapott városi rangot Siófok.
A Kórház-Rendelőintézet 400 ággyal, 162 heti rendelőintézeti óraszámmal, közös igazgatással, gazdasági ellátással funkcionális egységet alkotott. Kórházi osztályos háttérrel rendelkező szakrendelések orvosai meghatározott időben a kórházban és a szakrendelésen is dolgoztak. Az „integrációnak” nevezett szervezési modell országos példájának emlegették az intézményt.
A 70-es évek közepétől szinte minden városi és környéki egészségügyi szolgálat a kórház irányítása alá került. A kórház működtette a felnőtt és gyermek körzeti orvosi szolgálatokat, az üzemorvosi szolgálatot, szervezte a város és járás ügyeleti ellátását, az iskolaegészségügyet, valamint a Mozgó Szakorvosi Szolgálatokat /MSZSZ/. A nyári három hónapban a kórház üdülőorvosi szolgálatot és éjszakai rendelőintézeti sebészetet is szervezett.
Az egészségügyi ellátók szoros kapcsolata kedvező hatással volt az intézmény tudományos tevékenységére is. 1975-ig több mint 50 tudományos dolgozat jelent meg orvosaink tollából.
1977-ig Dr. Viczián Antal a kórházigazgató sebész főorvos vezette az intézményt, utána Dr. Varga Ferenc lett a kórházigazgató.
1978-tól  szükségesnek látszott a kórházépület belső tereinek felújítása, és az északi homlokzat rosszul záró ablakainak cseréje. Csempeburkolatot kapott a kórházi ebédlő, intenzív részleg épült a sebészeti osztályon. Az újszülött részlegen   „Baby” televízió működött. A Somogyi u. 4/a alatti épületet nővérszállóvá alakították.  Az u.n. „Balla” szállóból orvosszállás lett. Megépült a kórház területén egy 6 gépkocsi tárolására alkalmas garázssor. A gyerekosztály alatti szabad terület beépítésével fizikotherápia és gyógytorna kezelésekhez alkalmas részleg jött létre.
1980-tól felgyorsult a kórházi műszerek cseréje is. Szakmai programok keretében gyermekszemészet, onkológiai team jött létre, a szívbeteg diagnosztika  új Hellige EKG készülékkel gyarapodott.  Hallásvizsgálatokhoz „csendes fülkét” szereltettek.
Az intézmény igen magas kihasználtsággal működött, ezért felmerült a kórházbővítés szükségessége. Komplex terv készült ideg-elme osztály, intézeti gyógyszertár, infúziós laboratórium és intenzív osztály kialakítására.
1983-tól a SZOT Bányász Üdülőben vibrációs ártalomban szenvedők  szanatóriumi rehabilitációját végezték. A kezelések között közkedvelt lett a szénsavhó  és a közeli Ádándról származó melegvizes balneotherápia.
A „túlsúlyosok” szanatóriumi kezelésével  a balatonföldvári SZOT üdülő foglalkozott.
1984-ben az Egészségügyi Minisztériumtól  „Kiváló intézmény” kitüntetést kapott a kórház.
1985. augusztus 15-i földrengés megrongálta a  „Régi egészségházat” és a kórház épületét is. Gyors döntés született :  A kórház  déli épületszárnyához csatlakozóan 4 szintes épület alapozási munkálatait kezdték meg. Itt kapott helyet az anya-csecsemő és gyermekvédelmi szolgálat  a gyermekkörzeti orvosokkal, az infúziós laboratórium és gyógyszertár, valamint az 51 ágyas ideggyógyászati osztály.  Az új épületrészt 1989. május 1-én  avatta  az egészségügyi miniszter. A központi laboratórium az ideggyógyászati osztály helyére költözött, a labor helyére pedig a 12 ágyas, légkondicionált Központi Anaesthesiológia és Intezív Therápiás Osztály. Az új építmény földszintjén működhetett az 1989-ben vásárolt computer tomograf /CT/ is. A tüdőgondozó számára a város megvásárolta a Fő u. 132. szám alatti „Újhelyi” patikát.
A szakdolgozók utánpótlását részben  a Perczel Mór Gimnázium keretében működő Egészségügyi Szakközépiskola adta. Először 1968-től 1978-ig működött.  1979-től 10 éven át szünetelt a szakközépiskolai képzés, majd 1989- től újra indult, hogy néhány évig még pótolja a létszámot.
1989-től  élénkültek a kórház nemzetközi kapcsolatai. Közülük kiemelhető a pritzwalki /NDK/ kórházzal való szakmai együttműködés.
Az 1990-ben megalakult  a  Magyar Orvosi Kamara helyi szervezete.
1991-ben a 12 ágyas intenzív osztály új monitor rendszert és teljes műszerezettséget kapott. A sebészeten meghonosodott az arthroscopia és a laparoscopos sebészet. A kórház  központi gázfogadó és vezetékes ellátórendszert épített ki. A betegek által látogatott központi helyeken és orvosi szobákban lehetőség nyílt a szatellit TV adások vételére. Új sebészeti röntgen képerősítő, mammograf, színes ultrahang készülék gyarapította a műszerparkot. 1993-ban elkezdődött egy új orvos és nővérszálló építése a kórház területén, mely 1994-ben lett kész.
Az 1989-ben 468-ra növekedett kórházi ágyszámot 1993. január 1-től  410-re csökkentettük. A kórház  második  emeletén teremtettünk lehetőséget cardiológiai és endoscopos diagnosztikára.
Az intézményben folyamatosan épült ki a számítógépes informatikai rendszer. 1994-ben már a betegellátást szolgáló, a kórház nagy részére kiterjedő PC rendszerré fejlődött, a gazdasági-műszaki szolgálatokat is  érintő  programokkal. 1996. október 1-el megszűntettük a gazdaságtalanná vált infúzió gyártást. A gazdasági-műszaki területen és az igazgatásban  jelentős létszám leépítést hajtottunk végre. Az intézet 1997. évi zárólétszáma 614 fő volt. Csökkentettük a kórházi gépkocsik és gépkocsivezetők számát. Bevétel növelés céljából a „divatos” csontritkulás mérésre szolgáló p-Dexa készüléket szereztünk be.
1999-ben címzett /állami/ támogatást igényeltünk az IMS szerkezetű új kórházi szárny megerősítésére, a hotel szolgáltatás komfortosítására, a műtők zsiliprendszerének kialakítására, kazánház felújításra, szükségáramforrás cserére és más kapcsolódó beruházásokra.
A sebészeti és szülészeti osztályon 1-1 luxus igényeket kielégítő 1 ágyas kórtermet létesítettünk. Kollégium céljára szeptembertől májusig bérbe adtuk a nővérszálló kihasználatlan szobáit. A 2000. évhez kötődik a Tenager Ambulancia kialakítása.
A 2001-2002. évben  megvalósult kórház felújításhoz kapcsolódóan  a mentőbejárat mellett sebészeti ambulancia és szakrendelés, valamint a rendelőintézeti laboratórium befogadására alkalmas épület készült. Egyidejűleg a kórház déli épületszárnyában rendelőket alakíttattunk ki, hogy a rendelőintézet épületéből valamennyi szakrendelést a kórházhoz csoportosíthassunk át.
2003. április 1-től 20 ágyas Krónikus osztály működik, melyet az aktív ágyszám terhére alakítottunk ki. A kórház 373 ágyas. Technikailag magas szinten felszerelt Konferencia Termet  biztosítunk az intézet tudományos rendezvényeinek számára.
A Magyar Szabványügyi Testület 2003. július 30-án az ISO 9001:2000 szabvány és a Kórházi Ellátási Standardok alapján tanúsította Intézményünk minőségirányítási rendszerét.
Az ezt követő éves felügyeleti auditok során a kórház működése megfelelt a szabvány- és standardkövetelményeknek. 2006-ban sor került a Járóbeteg Ellátási Standardok rendszerbe integrálására és tanúsítására, valamint az első okiratmegújító auditra. 2007-ben a Magyar Egészségügyi Ellátási Standardok kézikönyv szerinti működés tanúsítására, majd 2009. évben az MSZ EN ISO 9001:2009 szabvány által bevezetett változtatások rendszerbe építése is megtörtént.
2005-ben Siófok Város Kórház-Rendelőintézete elnyerte „Az év kórháza” címet.
Bevezettük a röntgen filmet kiküszöbölő digitális képalkotó technikát.
2006-ban a kórházi ágyszám 350-re csökkent. Az intézmény a déli Balaton-part és észak Somogy lakosságának folyamatos ellátását biztosító súlyponti kórháza lett.
2009. évben megvalósult a kórház valamennyi kórtermének, szakrendelőknek a klimatizálása.
Az intézmény az infrastrukturális fejlődésének biztosítása érdekében több uniós pályázatot is benyújtott, melyek – TIOP 2.2.2. Sürgősségi ellátás fejlesztése pályázat, TIOP-2.2.4/09/1 Struktúraváltoztatást támogató infrastruktúrafejlesztés a fekvőbeteg-szakellátásban – sikeres eredményt értek el és megvalósításuk jelenleg van folyamatban.
Az intézmény a KEOP – 2009 – 5.3.0/A – Épületenergetikai fejlesztések és közvilágítás korszerűsítése pályázati felhívásra is nyújtott be pályázatot, mely szintén eredményes volt. A projekt 2012. év januárjában megvalósult, mely utólagos külső épületszigetelésre, nyílászárócserére és fűtéskorszerűsítésre irányult.
2012-ben megkezdődött az egészségügy rendszerszintű átalakítása. A struktúraátalakítás a Siófoki Kórházat is érintette. 2012. május 1. napjától az intézmény állami tulajdonba került, fenntartója a Gyógyszerészeti és Egészségügyi Szervezeti- és Minőségfejlesztési Intézet lett, amely a tulajdonosi jogokat gyakorolja.
A kórház neve 2012. május 1. napjától Siófoki Kórház-Rendelőintézet.
A kórház struktúrája is megváltozott, az ágyszám 327-re csökkent, melyből 23 krónikus, 304 aktív ágy. A szemészeti osztály 2012-től egynapos szemészeti ellátásként működik.
A intézményt 36 évig vezető Dr. Varga Ferenc főigazgató főorvos 2013 márciusában elhunyt.
A kórház irányítását, vezetését 2013 márciusától megbízott orvosigazgatóként, majd 2013 augusztusától kinevezett főigazgatóként Dr. Inczeffy István látja el, az emberi erőforrások miniszterétől kapott megbízás alapján.
2013. év végétől a kórház számos területén fejlesztések kezdődtek, melyek egyrészt a betegellátást, másrészt a szervezeti struktúrát érintették.
A GYEMSZI által jóváhagyott új Szervezeti és Működési Szabályzat került kiadásra. Új osztályvezető főorvosok vezetik a Sebészeti, a Belgyógyászati, a Szülészet- és Nőgyógyászati Osztályt, valamint a Központi Laboratóriumot.
Megkezdte működését a kórház új weboldala.
2014 januárjától gyermek tüdőgyógyászati rendelés kezdte meg működését a kórház gyermekambulanciáján.
Jelenleg folyamatban van a gyermekgyógyászati ambulancia és szakrendelés teljes körű felújítása a GYEMSZI által adott vissza nem térítendő Vis Major támogatásból.